Certaines modifications ont été apportées au support des bases de données (MySQL et SQLite).

PHP 5 n'intègre pas les bibliothèques clientes MySQL par défaut, entre autres pour des raisons de licence. Pour plus d'informations, lisez la FAQ .

Il existe également une nouvelle extension, MySQLi (Improved MySQL) , créée pour fonctionner avec MySQL 4.1 et supérieur.

À partir de PHP 5, l'extension SQLite est intégrée à PHP. SQLite est un moteur de bases de données embarqué, il ne s'agit pas simplement d'une bibliothèque cliente permettant de se connecter à un serveur de bases de données (comme MySQL ou PostgreSQL). La bibliothèque SQLite lit et écrit ses bases de données directement dans des fichiers sur le disque.